Во время пандемии SARS-CoV-2 появилось несколько новых и более заразных вариантов вируса. Понимание того, как конкретные мутации влияют на передачу SARS-CoV-2, может помочь нам лучше понять биологию вируса и контролировать вспышки. И в этом ученым может помочь статистическая физика.
Однако это сложная задача, отмечает Джон Бартон, доцент кафедры физики и астрономии Калифорнийского университета в Риверсайде, который представил результаты своего исследования. Он вместе с коллегами разработал новый вычислительный метод для решения этой проблемы, применяя методы математических моделей статистической физики в эпидемиологии.
Их метод дает возможность просматривать данные геномного наблюдения — последовательности SARS-CoV-2, собранные у зараженных людей — с течением времени и во многих регионах мира, и находить влияние различных мутаций на передачу SARS-CoV-2, которые лучше всего объясняют наблюдаемую эволюционную историю вируса на протяжении всей пандемии.
После проверки своего метода исследователи применили его к более чем 1,6 миллионам последовательностей SARS-CoV-2 из базы данных GISAID, которые были собраны в 87 географических регионах. Новая методика показала неплохие результаты. А это значит, что в будущем ее могут задействовать для отслеживания вируса.
